(1)自行開車
A、(由高速公路前往)中山高速公路(國道1號)→由永康交流道下→往台南方向直走中正北路約200公尺→右轉永安路直走過東和橋後(過橋後,路名改為 「長和路」)→右轉慶和路(嘉南大圳),即可見本館在長和路右側。(本館至永康交流道車程約5分鐘)
B、(由台南市區前往)走西門路往北→經中正南路→直走中正北路→左轉永安路直走→過東和橋後(過橋後,路名改為「長和路」)→右轉慶和路(嘉南大圳), 即可見本館在長和路右側。
C、(由台南市區前往)走公園路往北→經中山公園→過太平橋→直走安和路→經安順國中【以上路段為「省道19號」】→右轉長和路→過仁愛橋即見博物館基地 在左側。
D、(由台南市區前往)走中華西路(「省道17號」)往北→經台南社教館→右轉中華北路→過海佃路→至安和路左轉→經安順國中(以上路段為「省道19 號」)→至長和路右轉→過仁愛橋即見博物館基地在左側。
(2)其它交通工具車程
A、 (飛機) 下台南機場→搭乘計程車→上快速道路台86號往東→接1號國道北上→下永康交流道,車程約25分鐘。
B、(高鐵) 下台南站→搭乘計程車→上快速道路台86號往西→接1號國道北上→下永康交流道,車程約25分鐘。

C、(火車) 下台南火車站→搭乘計程車,車程約35分鐘;下永康火車站→搭乘計程車,車程約10分鐘。
D、(客運) 下永康鹽行站→乘計程車至本館,車程約8分鐘。
E、(公車) 乘18號公車→至本館下車。(目前僅於本館大型活動期間開放行駛